Los elevados índices de delincuencia violenta y la inseguridad pública siguieron ocupando un lugar destacado en las preocupaciones de la opinión pública. En noviembre, según los informes, varios grupos armados de oposición reivindicaron la autoría de la detonación de tres artefactos explosivos en Ciudad de México. La ampliación del muro fronterizo propuesta por el gobierno estadounidense significaba que las personas migrantes centroamericanas y mexicanas que intentaban cruzar la frontera de Estados Unidos podrían tener que hacer frente a mayores amenazas para su seguridad.

La imparcialidad de las elecciones nacionales y el estrecho margen de la victoria del Partido de Acción Nacional (PAN) fueron cuestionados por el candidato que obtuvo la segunda posición, Andrés Manuel López Obrador, del Partido de la Revolución Democrática (PRD). Después de varias semanas de importantes protestas callejeras de personas partidarias del PRD que exigían el recuento completo de los votos, el Tribunal Electoral federal resolvió que sólo había motivos suficientes para un recuento parcial de casillas electorales. En septiembre, el Tribunal confirmó a Felipe Calderón como presidente. Andrés Manuel López Obrador y sus partidarios se negaron a aceptar los resultados, y en noviembre establecieron un gobierno «paralelo». El 1 de diciembre, Felipe Calderón juró su cargo como presidente, sin contraer un compromiso claro de fortalecer la protección de los derechos humanos. El nombramiento del gobernador del estado de Jalisco como secretario de Gobernación (ministro del Interior) federal fue motivo de preocupación debido a que, mientras desempeñó el cargo de gobernador, no impidió ni castigó violaciones graves de derechos humanos cometidas en Jalisco.

El gobierno mexicano compareció ante seis comités temáticos de la ONU que evaluaron el cumplimiento de las obligaciones contraídas en virtud de tratados. Entre éstos figuraban la Convención sobre los Derechos del Niño, la Convención Internacional sobre la Eliminación de todas las Formas de Discriminación Racial, el Pacto Internacional de Derechos Económicos, Sociales y Culturales, la Convención sobre la Eliminación de Todas las Formas de Discriminación contra la Mujer, la Convención contra la Tortura y Otros Tratos o Penas Crueles, Inhumanos o Degradantes y la Convención Internacional sobre la Protección de los Derechos de Todos los Trabajadores Migratorios y de sus Familiares. Los comités respectivos formularon una serie de recomendaciones. El gobierno del presidente Fox desempeñó un papel positivo en las reformas de la ONU encaminadas a potenciar la protección de los derechos humanos. México asumió la presidencia del nuevo Consejo de Derechos Humanos de la ONU. Se registraron escasos progresos en lo relativo a iniciativas gubernamentales en materia de derechos humanos. La aplicación del Programa Nacional de Derechos Humanos siguió siendo inadecuada. La judicatura federal publicó los resultados de su consulta sobre la reforma del sistema judicial. Con la excepción de algunas reformas en el sistema de justicia de menores, no hubo prácticamente avances en la introducción de las reformas constitucionales y legales propuestas para garantizar la protección de los derechos humanos en la seguridad pública y en el sistema de justicia penal.

En junio, la policía del estado de Oaxaca usó fuerza excesiva contra los maestros en huelga que habían ocupado y paralizado el centro de la ciudad de Oaxaca. Se constituyó la Asamblea Popular del Pueblo de Oaxaca (APPO) para apoyar a los docentes y exigir la renuncia del gobernador. Personas partidarias de la APPO ocuparon edificios oficiales y emisoras de radio y televisión. Según los informes, agentes de la policía estatal, en muchos casos vestidos de civil, dispararon contra personas partidarias de la APPO, causando la muerte al menos a dos de ellas y heridas a muchas más. Los partidarios de la APPO levantaron barricadas que bloquearon las calles de la ciudad. Durante la crisis, según los informes, la policía estatal detuvo arbitrariamente, recluyó en régimen de incomunicación y torturó a varios maestros y partidarios de la APPO antes de presentar cargos basados en pruebas presuntamente falsificadas. A finales de octubre, según los informes, policías municipales y estatales atacaron varias barricadas levantadas por partidarios de la APPO, con el resultado de tres civiles muertos y muchos otros heridos. Unos 4.500 agentes de la Policía Federal Preventiva (PFP) entraron en la ciudad usando gas lacrimógeno, porras y cañones de agua. Algunos manifestantes respondieron con violencia y decenas de ellos fueron detenidos. Según los informes, muchos fueron golpeados y amenazados por agentes de la PFP mientras estaban bajo custodia, y al menos 19 agentes de la PFP resultaron heridos. En noviembre, más de 140 personas fueron detenidas después de enfrentamientos con la policía; según los informes, muchas de ellas no habían participado en actos violentos. Los informes indicaban también que a muchas las golpearon y les negaron el acceso a familiares, a atención médica y a asistencia letrada. Al terminar el año, más de 90 continuaban bajo custodia. A principios de noviembre, los maestros regresaron al trabajo, pero algunos fueron objeto de amenazas y detenciones. En diciembre, decenas de dirigentes y partidarios de la APPO fueron sometidos a órdenes de detención dictadas durante las protestas, al parecer algunas de ellas sobre la base de pruebas falsificadas. Preocupó que las personas que habían participado en protestas pacíficas pudieran ser detenidas y sometidas a procedimientos judiciales sin garantías. Según los informes, durante la crisis murieron más de 17 civiles y decenas resultaron heridos. Al terminar el año, las autoridades federales y estatales no habían investigado con eficacia las denuncias de violaciones graves de derechos humanos.

Bradley Roland Will, periodista estadounidense, murió el 27 de octubre como consecuencia de los disparos que recibió en una barricada mientras filmaba un enfrentamiento entre manifestantes y hombres armados a los que después se identificó como funcionarios locales del partido gobernante. Se detuvo a dos de ellos, que después quedaron en libertad sin cargos tras concluir las autoridades estatales que los responsables habían sido partidarios de la APPO. Hubo honda preocupación en relación con la imparcialidad de la investigación oficial.

Jorge Alberto López Bernal murió el 29 de octubre como consecuencia del impacto de un bote de gas lacrimógeno disparado, según los informes, por la Policía Federal Preventiva (PFP). Las autoridades federales no realizaron investigaciones criminales sobre este y otros informes de violaciones de derechos humanos presuntamente cometidas por agentes de la PFP.

Los altos índices de delincuencia violenta, en muchos casos relacionada con el narcotráfico, menoscabaron la seguridad pública en muchas zonas del país. Operaciones policiales masivas contra manifestantes se saldaron con violaciones graves de derechos humanos. En abril, policías federales y estatales desalojaron a mineros en huelga que bloqueaban el acceso a la planta siderúrgica Lázaro Cárdenas, en el estado de Michoacán. Tras el desalojo se produjeron enfrentamientos violentos en los que José Luis Castillo Zúñiga y Héctor Álvarez Gómez murieron como consecuencia de disparos efectuados por la policía, y otras 54 personas resultaron heridas, entre ellas agentes policiales. En octubre, la Comisión Nacional de Derechos Humanos dictaminó que la policía federal y la estatal habían actuado ilegalmente y habían usado fuerza excesiva, y pidió que se llevara a cabo una investigación criminal. Las autoridades se negaron a dar cumplimiento a la recomendación.

El 3 de mayo tuvieron lugar enfrentamientos entre la policía del Estado de México y manifestantes en Texcoco, como consecuencia de los cuales se realizó una importante operación de la policía estatal y federal en la vecina ciudad de San Salvador Atenco, donde según los informes varios policías estaban retenidos como rehenes. La policía utilizó gas lacrimógeno, porras y armas de fuego contra miembros de la comunidad y detuvo durante los dos días a 211 personas, muchas de las cuales, según los informes, fueron repetidamente golpeadas y torturadas mientras se las trasladaba a la prisión del estado. Al terminar el año, 26 personas continuaban bajo custodia acusadas de secuestro, pese a la existencia de graves motivos de preocupación respecto de la fiabilidad de las pruebas presentadas contra algunas de ellas y la imparcialidad de los procedimientos judiciales. También continuó bajo custodia Magdalena García Durán, pese a haberse resuelto en su favor un recurso judicial federal contra su detención injusta. Al terminar el año, algunos agentes de la policía estatal eran objeto de investigación por agresión.

La violencia contra las mujeres y la discriminación por motivos de género siguieron siendo generalizadas en todo México. La comisión especial del Congreso federal sobre casos de feminicidio dio a conocer un importante informe sobre los asesinatos de mujeres en 10 estados. En él se subrayaba la sistemática inacción de los gobiernos estatales a la hora de compilar información fidedigna sobre la violencia de género o de adoptar medidas eficaces para su prevención y castigo. Se aprobó una ley federal que reforzaba el derecho de las mujeres a vivir libres de violencia. En febrero se estableció la Fiscalía Especial para la Atención de Delitos relacionados con Actos de Violencia contra las Mujeres. Continuaron los informes de asesinatos de mujeres en Ciudad Juárez y la ciudad de Chihuahua. Las autoridades del estado de Chihuahua introdujeron algunas mejoras como respuesta a los nuevos homicidios. Sin embargo, no procesaron muchos casos anteriores ni exigieron responsabilidades a ningún funcionario implicado en las investigaciones originales fallidas. La Procuraduría General de la República concluyó su investigación sobre casos del pasado, pero no reconoció la magnitud de la violencia de género en Ciudad Juárez durante 13 años, lo que suscitó críticas en el sentido de que intentaba restar importancia a los asesinatos y secuestros de mujeres en la ciudad. En junio, después de dos años y medio bajo custodia, David Meza Argueta fue absuelto del asesinato de Nayra Azucena Cervantes, cometido en la ciudad de Chihuahua en 2003. Según los informes, la acusación en su contra se basó en una confesión obtenida mediante tortura por la policía judicial de Chihuahua. David Meza presentó una denuncia de tortura contra funcionarios estatales. Según informes, dos agentes de la policía judicial del estado fueron expulsados del organismo policial por recurrir a la tortura durante sus investigaciones.

En mayo, durante la operación policial de San Salvador Atenco, Estado de México, 47 mujeres fueron detenidas y trasladadas a la cárcel. Al menos 26 de ellas denunciaron a la Comisión Nacional de Derechos Humanos que habían sido objeto de agresión sexual o violación por parte de agentes de la policía estatal durante el traslado a la cárcel. Al terminar el año, las investigaciones de las autoridades estatales sólo se habían traducido en cargos menores contra uno de los funcionarios implicados.

Siguieron siendo habituales la detención arbitraria, los malos tratos, la tortura y la vulneración del derecho al proceso debido de presuntos delincuentes. Los tribunales continuaron pasando por alto los informes de tales abusos. En muchos casos se negó el acceso a asistencia letrada en las fases iniciales de la detención, y con frecuencia los abogados designados por el Estado no garantizaron el derecho a una defensa efectiva. A los detenidos más pobres y desfavorecidos, como las personas indígenas, se les negó a menudo la aplicación de unas normas mínimas de imparcialidad en los juicios. En mayo, dos indígenas, Aureliano Álvarez Gómez y Tiburcio Gómez Pérez, fueron detenidos en relación con un presunto secuestro en la municipalidad de Huitiupán, estado de Chiapas. No se les mostraron órdenes de detención y, según los informes, agentes de la policía judicial estatal los golpearon con dureza durante los interrogatorios. A los detenidos se les negó la asistencia letrada y no se presentaron cargos en su contra, pero estuvieron recluidos por orden judicial (orden de arraigo) durante más de 50 días en una casa de seguridad dependiente de la Fiscalía General de Justicia del Estado de Chiapas. Durante cuatro días se denegó a los abogados de una organización de derechos humanos local el acceso a ellos, y cuando finalmente se dio a los letrados permiso para visitarlos no se les permitió hablar con ellos en privado ni documentar las señales visibles de sus lesiones. En junio, Aureliano Álvarez Gómez y Tiburcio Gómez Pérez fueron acusados formalmente y trasladados a la prisión de Amate, donde otros reclusos los sometieron a tortura, según los informes con el consentimiento de las autoridades penitenciarias. Al terminar el año no se tenía conocimiento de que se hubiera abierto investigación alguna sobre el trato recibido por los detenidos. El 4 de mayo, agentes de la policía estatal propinaron repetidos golpes y patadas a José Gregorio Arnulfo Pacheco en su domicilio de San Salvador Atenco. Más tarde se le diagnosticó fractura de costillas, fractura de tráquea, fisuras craneales y graves contusiones. Quedó en libertad a finales de julio, tras reconocer el juez su incapacidad física para haber cometido los delitos que se le imputaban. Al terminar el año seguía esperándose el resultado del recurso de la fiscalía contra su liberación.

Diez periodistas fueron asesinados y muchos otros recibieron amenazas, según los informes como represalia por su trabajo. Corrieron un peligro especial quienes investigaban sobre las redes de delincuencia organizada. Las investigaciones realizadas por un fiscal especial federal no culminaron en el procesamiento de ninguno de los responsables. Continuaron los informes de intimidación y hostigamiento judicial de defensores y defensoras de los derechos humanos en varios estados. En septiembre, la Suprema Corte de Justicia de la Nación amplió una investigación sobre el uso indebido del sistema de justicia penal que llevó al procesamiento de la periodista y defensora de los derechos humanos Lydia Cacho por cargos de difamación en diciembre de 2005. La investigación continuaba al terminar el año. En enero, Martín Barrios, de la Comisión de Derechos Humanos y Laborales del Valle de Tehuacán, en Tehuacán, estado de Puebla, fue liberado tras la preocupación mostrada por la opinión pública nacional e internacional por el hecho de que siguiera detenido tras retirarse los cargos infundados de chantaje presentados en su contra. Un mes más tarde, según los informes, Martín Barrios y otros miembros de la Comisión de Derechos Humanos y Laborales del Valle de Tehuacán fueron advertidos de que sus vidas corrían peligro debido a su trabajo en defensa de los derechos humanos.

Tal como en general se esperaba, la Fiscalía Especial para Movimientos Sociales y Políticos del Pasado (FEMOSPP), establecida para hacer justicia por las violaciones graves de derechos humanos cometidas durante la «guerra sucia» que tuvo lugar en México en las décadas de los sesenta, setenta y ochenta, no ofreció resultados. Según los informes, las fuerzas armadas siguieron mostrando una cooperación limitada y la FEMOSPP no cuestionó la jurisdicción militar, que había garantizado reiteradamente la impunidad de los militares acusados de violaciones graves de derechos humanos. No obstante, el gobierno del presidente Fox afirmó que el trabajo de la FEMOSPP había concluido, y en noviembre ordenó el cierre de esta Fiscalía. En febrero se filtró a un sitio web de Internet un borrador del informe compilado por la Comisión de Trabajo para el Esclarecimiento de la Verdad Histórica de la FEMOSPP. En el documento se identificaban más de 700 casos de desaparición forzada, más de 100 ejecuciones extrajudiciales y más de 2.000 casos de tortura cometidos por las fuerzas armadas y los organismos de seguridad durante la «guerra sucia». En los últimos días de la administración del presidente Fox, una versión reducida del informe circuló oficialmente en Internet, pero el gobierno no lo refrendó, no divulgó sus conclusiones ni garantizó el acceso de las víctimas y sus familiares a la verdad, la justicia y reparaciones. En noviembre, un tribunal federal determinó en apelación que no habían prescrito los cargos de genocidio formulados contra el ex presidente Luis Echeverría, en relación con la matanza de la plaza de Tlatelolco, ocurrida en 1968. En mayo se suspendió el procesamiento de Miguel Nazar Haro, ex jefe de la Dirección Federal de Seguridad, y otros ex agentes de seguridad acusados de la desaparición forzada de Jesús Piedra Ibarra, ocurrida en 1976. En septiembre, un juez ordenó que se pusiera fin al arresto domiciliario de Miguel Nazar Haro al venirse abajo el otro caso en su contra por violaciones de derechos humanos cometidas en la década de los setenta.

El Comité de Derechos Económicos, Sociales y Culturales de la ONU señaló que, a pesar de los esfuerzos del gobierno, 40 millones de personas seguían viviendo en la pobreza, en particular comunidades indígenas y otros grupos socialmente desfavorecidos. Las comunidades indígenas y campesinas amenazadas de desalojo por el proyecto de construcción de la presa de La Parota, en el estado de Guerrero, siguieron siendo objeto de intimidación pese al éxito de una demanda judicial por la que se ordenó la suspensión de las obras de construcción.

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México: «¿Cómo puede una vida valer tan poco?» Homicidios ilegítimos e impunidad en la ciudad de Reynosa (Índice AI: AMR 41/027/2006)

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Delegaciones de Amnistía Internacional visitaron México en junio y noviembre.